Du règne de Louis IX jusqu'à la Révolution, deux couvents marquèrent la cité, dont le plus ancien était celui des Cordeliers, membres des Frères mineurs conventuels de Saint François. Fondé à l'époque des croisades, il abritait un grand nombre de religieux, parmi lesquels on choisissait les missionnaires et les aumôniers de la marine. En 1575, le couvent fut détruit par les huguenots qui avaient pris le contrôle de la ville. Dépossédés de leur refuge, les religieux restèrent cependant dans la région, vivant de manière isolée. Plusieurs tentatives de reconstruction du monastère eurent lieu, avec finalement le soutien de M. De Basville qui, par une ordonnance du 28 avril 1686, autorisa l’utilisation des matériaux provenant de la démolition du temple protestant. Déjà en 1662, le marquis de Varennes avait tenté de stabiliser leur situation, bien qu’aucun revenu ne leur ait été attribué. Le couvent subsista difficilement pendant des années avec seulement quatre ou cinq religieux. Il fut finalement supprimé en 1773, faute de membres suffisants, conformément à l’édit de 1767 qui ordonnait la fermeture des couvents ne comptant pas au moins quinze religieux. Après 564 ans de présence, la maison fut abandonnée, mais non sans avoir laissé un héritage honorable. L’église, transformée en arsenal, existe encore aujourd'hui. Une statue de la Vierge, laissée à l’abandon pendant onze ans, fut transférée avec soin à l’église des Capucins le 22 février 1783.
Après la reddition de la ville en 1622, Louis XIII nomma un gouverneur profondément religieux qui fit appel à une communauté de Capucins pour l'assister dans son œuvre de redressement spirituel. Sous la direction du Père Barnabé de Sablet, les Capucins arrivèrent le 23 novembre 1622 et furent accueillis dans la demeure du gouverneur, qui leur fournit ensuite une maison et un petit jardin, tout en leur conférant les titres d'aumôniers de la garnison et de prédicateurs de l'église collégiale. Ils parvinrent ainsi à assurer quelques revenus, et à la mort de M. de Varennes, ils héritèrent d’une rente de mille livres. Leur communauté n'était jamais très nombreuse, en 1746 on comptait seulement quatre prêtres, un clerc et deux frères servants. Pourtant, ils restèrent présents jusqu'à la Révolution.
Leur influence spirituelle était notable. Par leurs prédications, ils raffermirent la foi catholique et participèrent à de nombreuses conversions de protestants, notamment après la peste de 1630, qui ravagea la population. Leur dévouement lors de cette épidémie fut si exemplaire que même les protestants furent impressionnés, certains se convertissant en voyant l'abnégation des religieux. En reconnaissance, le Conseil communal décréta que l’hôpital fournirait gratuitement des médicaments aux Capucins malades.
Ils érigèrent une maison régulière et une chapelle, dont la première pierre fut posée en 1647. Les travaux s’achevèrent en 1677, utilisant des pierres d’un ancien môle appelé Peyrade. La communauté resta populaire dans la région, impliquée dans de nombreuses festivités religieuses. Lors des missions, la participation des habitants était massive, et des solennités marquantes comme la plantation de croix en 1647 rassemblaient toute la ville.
La communauté disparut lors de la suppression des ordres religieux le 4 mai 1790. À cette époque, les Capucins n’étaient plus que cinq : quatre pères et un frère. Expulsés de leur couvent en novembre 1791, celui-ci fut vendu et transformé successivement en magasin militaire, salle de café, puis halle publique. Aujourd'hui, il sert de salle d’exposition.
Aujourd'hui, il ne subsiste que les chapelles des anciens couvents.
Place Saint Louis - BP 23
30220 AIGUES-MORTES